Gdy w listopadzie 1942 zagrożenie niemieckie w Afryce Północnej zmalało, Brytyjczycy uznali, że nie potrzebują już dalszej współpracy z Haganą i wstrzymali finansowanie Palmachu. W celu utrzymania istniejących sześciu kompanii szturmowych, Hagana podjęła decyzję o przejściu Palmachu do działalności w konspiracji. Członkowie kompanii szturmowych zostali rozproszeni po różnych kibucach, które zapewniały im schronienie i wyżywienie, w zamian otrzymując ochronę i szkolenie wojskowe. System działania Palmachu w konspiracji ustalono według następującego porządku: w każdym miesiącu 8 dni szkolenia, 14 dni działań operacyjnych i 7 dni odpoczynku. System ten sprawdzał się przez kolejne dwa lata, jednak w lipcu 1944 wielu członków Palmachu wstąpiło do Brygady Żydowskiej i opuściło Palestynę. Stworzyło to poważny kryzys braku sił szturmowych zdolnych do prowadzenia działań operacyjnych. Problem ten rozwiązano przez uruchomienie szkoleń wojskowych młodzieży po ukończeniu przez nią osiemnastego roku życia. Spośród osób kończących szkolenie wybierano kandydatów do kompanii szturmowych Palmach. Koszty prowadzenia kursów wzięły na siebie kibuce. Podstawowe szkolenie obejmowało trening sprawnościowy, obsługę broni, nauka walki wręcz, topografię, pierwszą pomoc i taktykę.