Dawniej upatrywano przyczyn rozdzielenia się rzekotek drzewnej i śródziemnomorskiej w zlodowaceniu. Badania te wykazują istnienie kladu złożonego z rzekotek drzewnych zamieszkujących Grecję, w tym Kretę, i Chorwację. Autorzy wyjaśniają to starym polimorfizmem genetycznym sięgającym wstecz plejstocenu, gdy rzekotki ostały się na Bałkanach. Uważają też, że jedna z linii prezentująca jeden z wariantów mtDNA rozprzestrzeniła się później. Dufresnesa i współpracownicy jako refugia wymieniają południowe Bałkany i wybrzeże Adriatyku, trzecia linia po ostatnim maksimum glacjalnym rozprzestrzeniła się na Kotlinie Panońskiej. Populacje zamieszkujące północną i zachodnią część Europy są młodsze.

Genetyka Chromosomy rzekotki, o czym świadczą porównania z plataną, są konserwatywne. Występuje ich 12 par. Dawniejsze chromosomy odpowiadające parom 4, 7 i 8 platany w linii rzekotek uległy podziałowi. Odwrotnie natomiast fragmenty 4A i 7A połączyły się u rzekotek w pojedynczy chromosom.