Częstość rekombinacji zależy od płci (cheterochiazmia) i od fragmentu chromosomu. O ile u samic tempo rekombinacji jest w miarę stałe, u samców ulegają jej zwłaszcza końcowe fragmenty chromosomów. Pomiędzy parami chromosomów w trakcie podziału mejotycznego najczęściej tworzą się zaledwie 2 chiazmy – po obu końcach chromosomów. Zmniejszona częstość rekombinacji u samców spełnia zasadę Haldane’a-Huxleya.
Płeć determinowana jest genetycznie. Hemizygotyczne są samce, co potwierdzono poprzez badania nieulegającego rekombinacji locus WHA 5-22A. Chromosom płciowy przypomina chromosom 1 platany szponiastej. Brelsford et al w 2013 znaleźli 13 wspólnych markerów. System determinacji płci u rzekotki drzewnej liczy sobie przynajmniej 5 milionów lat. Występują chromosomy X i Y, bardzo podobne do siebie. Świadczy to o tym, że w tym czasie musiały zachodzić rekombinacje, które zapobiegły degeneracji chromosomu Y, spowodowanej brakiem rekombinacji obserwowanym u ssaków. Rzekotka drzewna odziedziczyła je po przodku wspólnym z Hyla intermedia. Badania zespołu Stöck dowodzą, że to właśnie zachodzące co jakiś czas rekombinacje, a nie epizody odwrócenia systemu determinacji płci utrzymały chromosom Y.