W rezultacie chromosomy płci, które ewidentnie jawią się badaczom jako nowe (w momencie podziału linii rzekotki drzewnej, Hyla intermedia i Hyla molleri nie były one jeszcze zróżnicowane) noszą na sobie bardzo stare geny. Za gen determinujący płeć uchodzi choćby Dmrt1. Rekombinacja chromosomu Y zatrzymała się jeszcze przed powstaniem współczesnego gatunku. Wskazano kilka różnych niepodlegających rekombinacji haplotypów tego chromosomu. Mimo licznych krzyżówek laboratoryjnych rekombinacji nie udawało się zaobserwować u samców. Zespołowi Dufresnesa udało się zaobserwować w ograniczonym zakresie i to głównie u płazów z południowych Bałkanów bądź wybrzeża Adriatyku. Populacje zamieszkujące refugium na Bałkanach cechują się częstszą rekombinacją chromosomów płciowych niż rzekotki żyjące na północ i na zachód – w tych populacjach, młodszych od bałkańskich, nie występuje ona w ogóle. Populacja pannońskie wykazują w tym względzie cechy pośrednie.