Był także członkiem zarządu Stronnictwa Niezawisłości Narodowej.

Gdy w sierpniu 1915 armia niemiecka zajęła Warszawę, Kościałkowski udał się na front, będąc dowódcą plutonu warszawskiego I Brygady Legionów. Piłsudski rozkazał mu jednak wrócić i podjąć ponownie działalność w POW jako komendant okręgu warszawskiego. Potem zajmował stanowisko adiutanta i inspektora Komendy Naczelnej Polskiej Organizacji Wojskowej. Ściśle współpracował z Piłsudskim, będąc w Komisji Wojskowej Tymczasowej Rady Stanu. Gdy w listopadzie 1918 rozpoczęło się rozbrajanie żołnierzy niemieckich w Warszawie, Kościałkowski kierował tą akcją jako szef wydziału działań czynnych Komendy Naczelnej POW oraz komendant oddziałów lotnych.

Służba w Wojsku Polskim Od 1918 roku pełnił służbę w Wojsku Polskim. 2 grudnia 1918 został awansowany na stopień porucznika, a 1 grudnia 1919 – na kapitana, a potem na majora. W następnym roku służył jako zastępca szefa Biura Wywiadowczego Sztabu Głównego Wojska Polskiego. Utrzymywał wówczas kontakty z POW w okręgu suwalskim (organizacja próbowała m.in. wzniecić antylitewskie powstanie w Sejnach) i był zaangażowany w zajęcie Wilna w kwietniu 1919. Był wówczas szefem sekcji wywiadowczej Kwatery Głównej Naczelnego Wodza. Wydawał tam kilka periodyków, m.in. Nasz Kraj.