Przez kilka miesięcy (od 2 marca do 1 lipca) w 1934 Kościałkowski sprawował stanowisko komisarycznego prezydenta Warszawy. Trafił na to stanowisko, ponieważ rząd rozwiązał wówczas Radę i Zarząd Miejski Warszawy. Było to efektem walki politycznej z siłami opozycyjnymi. Z tego też względu Kościałkowski podczas pełnienia funkcji komisarycznego prezydenta, skupił się na usuwaniu ze stanowisk urzędniczych osób o nastawieniu opozycyjnym do rządu. Oprócz tego działał także w sferze gospodarczej stolicy. Udało mu się jednak także zrównoważyć budżet Warszawy, zmniejszył zadłużenie miasta, wpłynął także na obniżkę cen gazu i biletów tramwajowych.
Korzystając ze wsparcia rządu, Kościałkowski starał się uregulować zaległe pobory pracowników i emerytów, a także wprowadzić szeroko zakrojone oszczędności budżetowe. Rozpoczął również tzw. akcję konwersyjną, która miała zmniejszyć zadłużenie miasta. Na przedsięwzięcie to składała się: redukcja etatów urzędniczych oraz emerytur, dążenie do odmłodzenia aparatu administracyjnego, a także renegocjacje umów z dostawcami dla miasta.
Jak pisze Marian Marek Drozdowski, Kościałkowski