Wojewoda białostocki i komisaryczny prezydent Warszawy thumb|Prezydium BBWR z wizytą u marszałka Senatu Juliana Szymańskiego w 1929 Kościałkowski siedzi drugi od prawejthumb|Portret Mariana Zyndrama-Kościałkowskiego z 1933 pędzla Józefa Blicharskiego Od 10 lipca 1930 do końca lutego 1934 piastował stanowisko wojewody białostockiego. W tym czasie usprawniał administrację, zwiększył nadzór nad urzędnikami, stawiał na rozbudowę kanalizacji i sieci ulic w Białymstoku. Założył również Wojewódzki Komitet do Spraw Bezrobocia, jak również miał swój udział w utworzeniu Białostockiej Izby Rolniczej i zapewnieniu udziału przedsiębiorców białostockich w II Targach Wileńskich. Był również jednym ze współzałożycieli Białostockiego Klubu Sportowego Jagiellonia (którego był honorowym prezesem). W uznaniu zasług dla miasta, Kościałkowski został drugim (po Józefie Piłsudskim) honorowym obywatelem Białegostoku. Tytuł ten został mu uroczyście nadany 4 września 1935. Tego samego dnia w Białymstoku otwarto bulwary im. wojewody Mariana Zyndrama Kościałkowskiego.
W listopadzie 1930 po raz kolejny wszedł w skład Sejmu (zajmował 17. miejsce na liście państwowej BBWR).