W latach 30. Hoover uporczywie zaprzeczał istnieniu przestępczości zorganizowanej w Stanach Zjednoczonych. Część badaczy uważa, że było to związane z posiadaniem przez amerykańską mafię kompromitujących materiałów dotyczących HooveraSifakis, Carl (1999). "The Mafia Encyclopedia". New York: Facts on File. s. 127.. mały|245x245px|Siedziba FBI imienia J. Edgara Hoovera W latach trzydziestych prezydent Roosevelt zlecił szefowi FBI zbadanie działania obcych wywiadów w Stanach Zjednoczonych, szczególnie aktywności komunistów i faszystów. Roosevelt przyznał pozwolenie agentom FBI do podsłuchiwania "podejrzanych o działalność wywrotową". Każdorazowe podsłuchiwanie miało być konsultowane przez agencję z prokuratorem generalnymSchlesinger, Arthur M. (2002), Robert Kennedy and His Times s. 253.
Lata 40. i 50. XX wieku Wraz z wybuchem II wojny światowej FBI przejęło kontrolę nad działaniami kontrwywiadowczymi w Stanach Zjednoczonych. Prezydent Roosevelt zlecił także agencji kierowanej przez Hoovera prowadzenie wywiadu również za granicą. Biuro zaczęło badać przeszłość pracowników rządowych pod kątem podejrzeń o szpiegostwo i infiltrację rządu.