Wraz z nadejściem okresu zimnej wojny Hoover zwiększył nacisk na zwalczanie komunizmu, który uważał za zagrożenie. Obrazuje to chociażby przykład sprawy Algera Hissa, urzędnika podejrzanego o przynależność do Partii Komunistycznej. Hiss był intensywnie inwigilowany przez agentów FBI, aż do skazującego go wyroku. Proces uznaje się za początek epoki "polowania na czarownice".
W 1956 John Edgar Hoover rozpoczął trwającą przez ok. 15 lat działalność programu COINTELPRO, która miała na celu nie tylko infiltrację, ale także rozbicie Komunistycznej Partii Stanów Zjednoczonych. Operacja jednak szybko przekroczyła założone granice, obejmując pod swoje działania różne, inne organizacje m.in. Czarne Pantery, Ku Klux Klan, Socjalistyczną Partię Robotniczą (SWP) czy Nacjonalistyczną Partię Puerto Rico. Działania agentów obejmowały nie tylko inwigilację, ale nawet nękanie i inne działania daleko wykraczające poza uprawnienia agencji. mały|245x245px|Prezydent John F. Kennedy, J. Edgar Hoover i prokurator generalny Robert F. Kennedy w 1961
Lata 60. i 70 XX wieku W latach 60. FBI pod kierownictwem J. Edgara Hoovera monitorowało znane postaci z działalności na rzecz praw obywatelskich m.in.