Klub ponownie zaczął w najwyższej klasie rozgrywkowej w sezonie 1942/1943, tym razem w rozgrywkach Gauligi w okręgu Hamburg, w której występował do zakończenia II wojny światowej, a po jej zakończeniu klub wznowił udział w rozgrywkach ligowych w 1947 roku w Oberlidze północnej oraz w tym samym roku zdobył mistrzostwo Hamburga. Zajęcie 2. miejsca w sezonie 1947/1948 zagwarantowało Piratom Ligi udział w rundzie finałowej mistrzostwa Niemiec, w których dotarli do półfinału, w którym 25 lipca 1948 roku na stadionie w Mannheim przegrali po 3:2 dogrywce z późniejszym mistrzem Niemiec – FC Nürnberg. Potem klub nadal dobrze prezentował się w rozgrywkach ligowych, jednak nie był stanie wygrać z największymi lokalnymi rywalami – Hamburgerem SV, a w następnych latach pojawily się następne kluby, z którymi klub toczył zaciętą rywalizację: Werder Brema i VfL Osnabrück.