Awans do Bundesligi W 1963 roku została utworzona Bundesliga – nowa liga zawodowa, będąca od tego momentu najwyższą klasą rozgrywkową w RFN, będącą oficjalnymi mistrzostwami Niemiec. Z Oberligi północnej do Bundesligi zostały dołączone trzy najlepsze kluby w sezonie 1962/1963: Hamburger SV, Werder Brema i Eintracht Brunszwik, natomiast FC St. Pauli zajmując 6. miejsce została dołączona do Regionalligi północnej. W tym samym roku zawodnikiem klubu został togijski napastnik – Guy Acolatse, który został pierwszym czarnoskórym zawodowym piłkarzem w RFNDie hatten noch nie einen Schwarzen gesehen [data dostępu: 2010-06-18] Guy Acolatse: Die Geschichte von Deutschlands erstem schwarzen Profifußballer [data dostępu: 2020-04-28] . Pomimo triumfów w rozgrywkach ligowych w sezonach 1963/1964, 1965/1966 oraz 1972/1973 klubowi nie udało się awansować do Bundesligi, gdyż klub przegrywał w decydujących meczach rundy barażowej.