miejsca w rozgrywkach ligowych.
W sezonie 1988/1989 klub zajął najwyższe miejsce w historii swoich występów w Bundeslidze – 10. miejsce. W sezonie 1989/1990 klub zakończył rozgrywki ligowe na 13. miejscu, a w sezonie 1990/1991 zajął 16. miejsce, w związku z czym przystąpił do baraży o utrzymanie, w których przegrał rywalizację w trzech meczach ze Stuttgarter Kickers (1:1, 1:1, 1:3) i tym samym spadł do 2. Bundesligi. Ponownie do Bundesligi awansował w sezonie 1994/1995. Sezon 1995/1996 zakończył na 15. miejscu, natomiast w sezonie 1996/1997 po zajęciu ostatniego – 18. miejsca, spadł z Bundesligi.
Od 2000 roku thumb|Trybuna południowa Millerntor-Stadion, widok z Budapester Straße (2009) W sezonie 2000/2001 po zajęciu 3. miejsca w 2. Bundeslidze, klub awansował do Bundesligi. 6 lutego 2002 roku Piraci Ligi sensacyjnie wygrali 2:1 u siebie z obecnym zdobywcą Ligi Mistrzów oraz Pucharu Interkontynentalnego – Bayernem Monachium, w wyniku czego zaczęto produkować koszulki „Weltpokalsiegerbesieger”History – FC St. Pauli . Mimo tego klub zakończył rozgrywki ligowe na ostatnim – 18. miejscu i tym samym spadł do 2. Bundesligi, pewnie dlatego, że działacze nie zaufali drużynie która wywalczyła do Bundesligi w sezonie 2000/2001, lecz wydała pieniądze z kontraktów i reklam Bundesligi na drogich, jednak rozczarowujących zawodników.