W sezonie 2002/2003 drużyna Piratów Ligi już nie przypominała drużyny z sezonu 2000/2001, w efekcie czego spadła do Regionalligi, zajmując 17. miejsce w tabeli ligowej.
W obliczu ponownego bankructwa i zbliżających się rozgrywek Regionalligi północnej, władze klubu rozpoczęły akcję zbierania funduszy pt. „Retteraktion”. Wydrukowały koszulki z herbem klubowym ze słowami Retter (pol. Ratownik/Zbawca) – sprzedano 140 000 koszulek w ciągu 6 tygodni. Władze klubu zorganizowało mecz benefisowy z Bayernem Monachium w celu zebrania funduszy na ratowanie klubu.
W sezonie 2005/2006 Piraci Ligi sensacyjnie awansowali do półfinału Pucharu Niemiec, wygrywając w drodze do niego z Wackerem Burghausen (3:2 p.d.), z VfL Bochum (4:0), z Herthą Berlin (4:3 p.d.) oraz w ćwierćfinale, rozegranym 25 stycznia 2006 roku u siebie z Werderem Brema (3:1). W półfinale rozegranym 12 kwietnia 2006 roku, Piraci Ligi przegrali u siebie 3:0 z Bayernem Monachium po golu Owena Hargreavesa (15') oraz po dwóch golach Claudio Pizarro (84', 89'). Taki wynik w tych rozgrywkach przyniosło klubowi 1 000 000 euro przychodów ze sponsorów oraz transmisji telewizyjnych, co uratowało klub przed ruiną finansową.