Bawarczycy byli również przeciwnikami Piratów Ligi w pierwszej rundzie Pucharu Niemiec 2006/2007, w której 9 września 2006 roku, Piraci Ligi przegrali u siebie 2:1 po dogrywce z Bawarczykami. W sezonie 2006/2007 awansowali do 2. Bundesligi, natomiast w sezonie 2009/2010, a 2 maja 2010 roku po wygranej 4:1 meczu wyjazdowym z Greuther FürthFC St. Pauli – Spielplan und Termine – 2. Bundesliga 2009/10 , na 1 kolejkę przed zakończeniem rozgrywek ligowych, zapewnili sobie awans do Bundesligi, zajmując ostatecznie 2. miejsce w tabeli ligowej.
16 lutego 2011 roku Piraci Ligi po raz pierwszy od 1977 roku wygrali na wyjeździe z lokalnym przeciwnikiem – Hamburgerem SV, 1:0 po golu Geralda Asamoaha w 59. minucie. Mimo tego drużyna zakończyła rozgrywki ligowe w sezonie 2010/2011 na ostatnim – 18. miejscu, w efekcie czego spadła do 2. Bundesligi. Na II szczeblu rozgrywkowym zespół z Hamburga występował do sezonu 2023/2024, po którym powrócił do elity.
Sukcesy 10. miejsce w Bundeslidze: 1989 Awans do Bundesligi: 1977, 1988, 1995, 2001, 2010, 2024 Awans do 2. Bundesligi: 1984, 1986, 2007 Półfinał Pucharu Niemiec: 2006 Mistrzostwo Hamburga: 1947 Puchar Hamburga: 1986, 2004, 2005, 2006 Wicemistrzostwo Niemiec Północnych: 1948 (również brytyjskiej strefy okupacyjnej), 1949, 1950, 1951, 1954