Krokodyl nilowy (Crocodylus niloticus) – jeden z trzech gatunków krokodyli występujących w Afryce. Drugi pod względem wielkości, zaraz po krokodylu różańcowym współcześnie żyjący gad i analogicznie drugi w rodzinie krokodylowatych. Może osiągać długość 5,5 metrów i masę blisko 1 tony. Występuje prawie w całej Afryce na południe od Sahary i na Madagaskarze. Był czczony w starożytnym Egipcie.
Taksonomia Badania Mereditha i współpracowników (2011) sugerują, że jeśli populacje krokodyla nilowego z zachodniej i wschodniej Afryki uznać za należące do jednego gatunku (co nie jest pewne – patrz niżej), to wówczas krokodyl nilowy byłby przodkiem czterech amerykańskich gatunków krokodyli (krokodyla z Orinoko, krokodyla kubańskiego, amerykańskiego i meksykańskiego). Z przeprowadzonych przez autorów analiz genomu mitochondrialnego wynika, że wschodnioafrykańskie populacje krokodyla nilowego są bliżej spokrewnione z amerykańskimi gatunkami krokodyli niż z populacjami zachodnioafrykańskimi. Wynik ten, w połączeniu z analizą zapisu kopalnego, sugeruje, że afrykańskie krokodyle skolonizowały Amerykę po przepłynięciu przez Atlantyk ok. 7 mln lat temu. Także z analizy przeprowadzonej przez Oaksa (2011) wynika, że krokodyle zaliczane do gatunku C.