niloticus w rzeczywistości należą do dwóch odrębnych gatunków, które nie tworzą kladu, lecz są sukcesywnie bardziej odległymi grupami zewnętrznymi w stosunku do kladu obejmującego amerykańskie gatunki z rodzaju Crocodylus. Również wyniki badań Hekkali i współpracowników (2011) sugerują odrębność gatunkową krokodyli nilowych z zachodniej i wschodniej Afryki oraz bliższe pokrewieństwo populacji wschodnioafrykańskich z amerykańskimi gatunkami z rodzaju Crocodylus niż z krokodylami z zachodniej Afryki.
Rozmnażanie Płeć krokodyli zależy od temperatury, w jakiej przebywają jaja – jeśli średnia temperatura w gnieździe wynosi poniżej 31,7 °C lub powyżej 34,5 °C, z jaj wylęgną się samice. thumb|none|180px|Jaja krokodyla nilowegomały|Walka krokodyla|lewo Występowanie thumb|left|100px|Sobek z głową krokodyla nilowego Występuje prawie w całej Afryce. Nie zamieszkuje chłodnych obszarów Afryki północnej oraz pustynnych obszarów Sahary. Zamieszkuje brzegi rzek, jezior i zbiorników wodnych. Dni spędza na brzegu, a na noc zanurza się w wodzie. mały|Krokodyl nilowy, miedzioryt kolorowany (Johann Daniel Meyer, 1748) Tara Shine odkryła kilka izolowanych populacji krokodyli w Mauretanii na Saharze. W miejscu ich występowania przez parę miesięcy z wody deszczowej tworzą się obszerne i porośnięte roślinnością stawy.