26 marca 1963 roku premier David Ben Gurion nieoczekiwanie wezwał Amita, dokonującego właśnie inspekcji jednostek wojskowych nad Morzem Martwym (wysłał po niego specjalny samolot), i zaproponował mu stanowisko szefa Mosadu, po sprawującym tę funkcję przez 12 lat Harelu. Na jego miejsce w Amanie mianowano jego zastępcę generała gen. Aharona Jariwa.
W książce Every Spy a Prince 1990 (wyd. pol. Każdy szpieg to książę, 1993), dwaj dziennikarze Dan Raviv i Josi Melman, tak opisują sposób pracy Amita:
Nowo mianowany szef dążył do przekształcenia Mossadu w poważną i nowoczesną organizację wywiadowczą, skoncentrowaną na zadaniu, które uważał za najważniejsze – pozyskiwanie danych wojskowych i politycznych o krajach arabskich. Mossad był dla Amita przede wszystkim narzędziem gromadzenia informacji, stąd jego niechęć do spektakularnych działań, które uważał za marnotrawstwo środków. Pod wpływem wysłuchanych w USA wykładów z zakresu ekonomii i biznesu Amit starał się naśladować amerykański styl zarządzania i właściwą Amerykanom umiejętność pracy zespołowej.