W 2005 roku zespół naukowców opublikował wyniki badań filogenetycznych z wykorzystaniem mitochondrialnego genu cytochromu b. Badania nie zakończyły się jednak ustaleniem poprawnego podziału systematycznego w obrębie C. fiber. Naukowcy określili osiem populacji, lecz ze względu na liczne introdukcje i translokacje zwierząt nie mogli rozstrzygnąć systematyki dwóch populacji reliktowych wschodniej grupy bobra europejskiego. Wskazali, że dla 1–3 potencjalnych taksonów używane są trzy nazwy (C. f. belorussicus, C. f. orientoeuropaeus i C. f. vistulanus Matschie, 1907) i zastrzegli, że w sytuacji, gdyby dalsze badania wskazały na istnienie jednego taksonu, winien on nosić nazwę C. f. vistulanus. Badacz polskiej populacji Jan Goździewski potwierdza, że jest ona populacją hybrydową powstałą w wyniku reintrodukcji bobrów białoruskich i woroneskich na tereny przygraniczne Polski. W północno-wschodniej Polsce bobry pojawiły się w wyniku późniejszych migracji.
Typowe lokalizacje poszczególnych populacji przedstawiają się następująco: C. f. albicus Matschie, 1907 – Niemcy; C. f. ssp1 – Polska, Litwa; C. f. ssp2 – Rosja; C. f. birulai Serebrennikov, 1929 – Mongolia; C. f. fiber L., 1758 – Norwegia; C. f. galliae Geoffroy, 1803 – Francja; C. f. pohlei Serebrennikov, 1929 – Rosja; C. f.