Cysterką trzebnicką została najpóźniej w 1248. W tym bowiem roku jako zakonnica towarzyszyła ciotce Gertrudzie w podróżach do książąt, z którymi łączyły je więzy pokrewieństwa, w celu wyjednywania przywilejów i darowizn na rzecz klasztoru. Wstawiennictwo dla zgromadzenia Agnieszka uzyskała również na zjeździe pod Dankowem w 1262 (m.in. także od księżnej Kingi), co poświadcza dokument księcia Bolesława Pobożnego. W 1267 lub 1268 wzięła udział w translacji swej babki Jadwigi Śląskiej. Między 1269 a 1272 została ksienią klasztoru. Jak wynika z uchwały kapituły generalnej z 1278, stało się to wbrew woli Agnieszki, pod groźbą nałożenia na nią kar zakonnych. Nie wiadomo, czy była bezpośrednią następczynią swej ciotki Gertrudy, zmarłej najwcześniej 30 grudnia 1268, czy też – do czego przychyla się literatura – drugą po niej opatką, po Petroneli. Wbrew cysterskim statutom posiadała osobiste dochody, o czym informuje list papieża Grzegorza X z 2 stycznia 1273, w którym występuje z tytułem ksieni trzebnickiej. W 1278 zrezygnowała z pełnionego urzędu. Jako wnuczka fundatorów klasztoru zastrzegła sobie jednak kontrolę nad jego majątkiem.