Od lutego 1912 uczestniczył, pod pseudonimami „Rafał” i „Bogdan”, w organizowaniu okręgów bojowych w Królestwie Polskim. 28 marca 1912 został aresztowany wraz z żoną przez Ochranę w Warszawie, w trakcie konspiracyjnej wizyty. O tym, jakie znaczenie dla organizacji miało aresztowanie Prystora, świadczą słowa, jakie pisał Piłsudski do Aleksandry Szczerbińskiej tuż po aresztowaniu Prystora:

Rozpoznany przez agenta Antoniego Sukiennika, potwierdził swoją tożsamość i został osadzony w X Pawilonie Cytadeli Warszawskiej. Po dwóch latach śledztwa skazano go w styczniu 1914 na 7 lat ciężkiej katorgi, pozbawienie praw publicznych, a następnie zesłanie w głąb Imperium Rosyjskiego. Od kwietnia 1914 przebywał w ciężkim więzieniu w Orle. Uwolniony 17 marca 1917 w wyniku rewolucji lutowej, uczestniczył w działalności PPS, pełniąc m.in. funkcję członka Centralnego Komitetu Wykonawczego PPS w Rosji. Reprezentował również partię w utworzonej przez Rząd Tymczasowy Komisji Likwidacyjnej do spraw Królestwa Polskiego.