Po zajęciu Mińska przez wojska niemieckie w maju 1918 przybył do Warszawy, gdzie uczestniczył w pracach Polskiej Organizacji Wojskowej. Uczestniczył w przygotowaniach do zamachu bombowego na Hansa Beselera, generał-gubernatora Warszawy. Akcja ostatecznie została jednak odwołana. Rozpoczął również pracę jako radca w Ministerstwie Zdrowia Publicznego, Opieki Społecznej i Ochrony Pracy w rządzie powołanym przez Radę Regencyjną. Był jednym z najbliższych współpracowników Józefa Piłsudskiego, witających go na dworcu kolejowym po powrocie z Magdeburga 10 listopada 1918. 4 stycznia 1919 Adam Koc mianował go oficerem POW. Pomimo przyjaźni z Komendantem początkowo nie pełnił żadnych eksponowanych stanowisk:
Prystor był ojcem chrzestnym pierwszej córki Piłsudskiego, Wandy, urodzonej w 1918. Gdy pod koniec tego roku Piłsudski ciężko zachorował, w testamencie jednym z jego wykonawców ustanowił właśnie Prystora.
W II RP Pierwszą funkcją pełnioną przez Prystora w odrodzonej Polsce było stanowisko podsekretarza stanu w Ministerstwie Pracy i Opieki Społecznej, w rządzie Ignacego Daszyńskiego, Jędrzeja Moraczewskiego, Ignacego Paderewskiego oraz Leopolda Skulskiego.