Nie jest pewne, czy brał udział w przygotowaniach do przewrotu majowego. Bezpośrednio przed tym wydarzeniem należał jednak do grupy najbliższych współpracowników Piłsudskiego, ale podczas zamachu nie było go w Warszawie. Być może współpracował wówczas z gen. Edwardem Śmigłym-Rydzem, dowodzącym wojskami zwolenników marszałka w Wilnie. Po przewrocie jedną z pierwszych decyzji Piłsudskiego było przeniesienie służbowe Prystora do Gabinetu Ministra Spraw Wojskowych. 31 października 1926 został przydzielony z PKU Wilno do składu osobowego Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych na stanowisko kierownika Samodzielnego Referatu Personalnego. W tym czasie zaczął pisać pamiętniki:
30 kwietnia 1927 został awansowany na podpułkownika ze starszeństwem z 1 stycznia 1927 i 31. lokatą w korpusie oficerów piechotyDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 13 z 20 kwietnia 1927 roku, s. 117.. Z dniem 15 lipca tego roku został mianowany I oficerem do zleceń i szefem Gabinetu Generalnego Inspektora Sił Zbrojnych w Warszawie z równoczesnym zachowaniem dotychczasowego stanowiska. 23 grudnia 1927 został przeniesiony do kadry oficerów piechoty z pozostawieniem na dotychczas zajmowanych stanowiskach. Od 8 do 25 kwietnia 1929 pełnił obowiązki szefa Biura Personalnego Ministerstwa Spraw Wojskowych z zachowaniem dotychczasowych funkcji.