W działalność polityczną zaangażował się szerzej w lutym 1991, kiedy był jednym ze współzałożycieli partii Wolny Kirgistan. W tym samym roku dostał się do Rady Najwyższej ZSRR. W 1992 jego ugrupowanie rozpadło się. Tekebajew stanął wówczas na czele jednego z jego odłamów, który przybrał nazwę Ata Meken. W 1995 bez powodzenia ubiegał się o prezydenturę. Od 1995 do 2005 z ramienia Ata Meken był deputowanym do Rady Najwyższej Kirgistanu. W tym czasie należał do opozycji wobec rządów prezydenta Askara Akajewa. W latach 1995–2000 stał na czele parlamentarnej Komisji Budowy Państwa i Rządów Prawa. Od 2000 do 2001 zajmował stanowisko wiceprzewodniczącego parlamentu.

W październiku 2000 wziął po raz drugi udział w wyborach prezydenckich. Sprzymierzył się wówczas z partią Ar Namys Feliksa Kułowa. W rywalizacji z urzędującym prezydentem Akajewem zdobył jednak tylko 14% głosów poparcia. Askar Akajew uzyskał ponad 74% głosów, jednak według zagranicznych obserwatorów, w tym OBWE, wybory nie spełniły standardów demokratycznych.

Po migdałowej rewolucji W marcu 2005, po tulipanowej rewolucji i obaleniu prezydenta Askara Akajewa, objął stanowisko przewodniczącego parlamentu. Był jednym z liderów rewolucji.