Wkrótce wszedł jednak z konflikt z nowym prezydentem Kurmanbekiem Bakijewem i w lutym 2006 zrezygnował z funkcji przewodniczącego.

Przeszedł do opozycji i stał się jednym z krytyków polityki prezydenta Bakijewa. Założył Ruch „Na Rzecz Reform!”. W kwietniu 2007 brał udział w antyprezydenckich demonstracjach opozycji, domagających się ustąpienia przez Bakijewa z urzędu. 6 września 2006 został zatrzymany na Lotnisku F. Chopina w Warszawie przez Służbę Celną, która znalazły w jego bagażu heroinę. W ciągu kilku dni Polska uznała zdarzenie za prowokację przeciwko politykowi i został zwolniony z aresztu oraz oczyszczony z zarzutów. W kolejnych miesiącach pracy odpowiednia komisja w Dżokorku Kenesz stwierdziła, że wydarzenie było skutkiem działania służby specjalnej, która jeszcze na lotnisku pod Biszkekiem, w Kirgistanie umieściła narkotyki w bagażu nieświadomego deputowanego.

W grudniu 2008 jego partia Ata Meken weszła w skład koalicji partii opozycyjnych pod nazwą Zjednoczony Ruch Ludowy.