Inna praca Simonsa, o udziale raftów lipidowych w transdukcji sygnałów komórkowych, jest drugą najczęściej cytowaną pracą, a sam Simons czwartym najczęściej cytowanym naukowcem z dziedziny przekazywania sygnałów komórkowych. Kai Simons został także wyróżniony przez ISI Web of Knowledge, jako jeden z najczęściej cytowanych naukowców w ogóle.
W kolejnych latach, Simons kontynuował pracę nad udziałem raftów lipidowych, i ogólniej lipidów, w polaryzacji komórek oraz sortowaniu białek. Zainteresował się także udziałem lipidów oraz mechanizmów sortowania białek w chorobach neurodegenracyjnych, w szczególności w chorobie Alzheimera.
Jego dorobek naukowy obejmuje ponad 350 artykułów naukowych, głównie z dziedziny biochemii, organizacji molekularnej komórki, biochemii i fizjologii błony komórkowej. Jego dziesięć najczęściej cytowanych prac zostało zacytowanych (do grudnia 2006 roku) ponad 7200 razy, a 106 najbardziej wpływowych prac, zebranych w bazie Essential Science Indicators, ponad 11 400 razy. W podsumowaniu dorobku z lat 1996-2007 śledzonego do maja 2009 roku, Kai Simons zajmował 12.