W drugiej połowie 1999 na mocy ustawy z 8 sierpnia 1996 o Radzie Ministrów. oraz ustawy z 4 września 1997 o działach administracji rządowej. wprowadzone zostały nowe zasady organizacji ministerstw. Konsekwencją tych zmian było m.in. uchylenie większości przepisów ustawy o urzędzie Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji, w której pozostawiono jedynie niektóre regulacje dotyczące uprawnień podległych mu pracowników i funkcjonariuszy. Nową podstawą prawną funkcjonowania MSWiA stało się rozporządzenie Rady Ministrów z 12 października 1999. o ponownym utworzeniu urzędu. W kolejnych latach ministerstwo było przekształcane dwukrotnie: na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z 13 czerwca 2000. część jego komórek i pracowników została przekazana do nowo utworzonego Ministerstwa Rozwoju Regionalnego i Budownictwa, natomiast na mocy rozporządzenia Rady Ministrów z 31 października 2005. do MSWiA włączono część komórek i pracowników zlikwidowanego Ministerstwa Nauki i Informatyzacji.