W marcu 1935 zrzekł się mandatu poselskiego i wycofał z życia politycznego.

Działalność związana z nauką i szkolnictwem Antoni Ponikowski pełnił też szereg funkcji pozarządowych i akademickich.

Był współorganizatorem polskiego szkolnictwa w Królestwie Polskim, w 1916 został profesorem miernictwa na Politechnice Warszawskiej, a w latach 1921 oraz 1923–1924 pełnił funkcję rektora tej uczelni.

W 1926 został wybrany na prezesa Rady Naczelnej Zjednoczenia Polskich Związków Śpiewaczych, funkcję tę pełnił do końca swego życia. Otrzymał odznakę honorową i został honorowym prezesem Stowarzyszenia amatorskiego ruchu śpiewaczego.

Od 1928 przez jedną kadencję był członkiem Kuratorium Fundacji Sułkowskich.

Od maja 1929 pełnił funkcję prezesa Towarzystwa Edukacji Narodowej oraz przewodniczył Komitetowi Budowy Pomnika Chopina w Warszawie, który odsłonięto 14 listopada 1926 w Łazienkach.

Wieloletni prezes Komitetu Muzeum Przemysłu i Rolnictwa (1925-1939, 1945-1949).