Od 1953 do 1964 był pracownikiem naukowo-dydaktycznym na macierzystej uczelni. W latach 1955–1957 i 1965–1967 pracował w Instytucie Sztuki Polskiej Akademii Nauk, a od 1967 na Uniwersytecie Warszawskim. Kierował tam Zakładem Historii Sztuki Średniowiecznej, a także całym Instytutem Historii Sztuki (1970–1981). Wykładał także na Uniwersytecie w Poitiers (1981–1999), w Uppsali (1967) i Kansas City (1975). Jego zainteresowania badawcze obejmują przede wszystkim rzeźbę gotycką (zwłaszcza w twórczości Wita Stwosza) oraz złotnictwo romańskie i ikonografię hagiograficzną. Wśród wypromowanych przez niego doktorów znaleźli się, m.in.: Tadeusz Jurkowlaniec (1984) i Grażyna Jurkowlaniec (1999).

23 sierpnia 1980 roku dołączył do apelu 64 uczonych, pisarzy i publicystów do władz komunistycznych o podjęcie dialogu ze strajkującymi robotnikamiApel (dokument KSS KOR, Archiwum Opozycji IV/04.05.43 [b.n.s]).

Jego ojcem był Ludwik Skubiszewski, a bratem Krzysztof Skubiszewski.