Stałe obniżanie się podstawy erozyjnej wód proglacjalnych i jednoczesne izostatyczne podnoszenie się lądu, spowodowało intensywne wcinanie się rzeki. W holocenie, po podniesieniu się zwierciadła wód w niecce Bałtyku, w delcie Wisły i na dnie doliny nastąpiło narastanie aluwiów rzecznych, których miąższość dochodzi do kilkunastu metrów. Obecnie dno doliny obniża się od 15 do 7 m n.p.m., a zbocza wznoszą się ponad nimi o 50 do 60 m.
Pod Gniewem Wisła przyjmuje z lewej strony dopływ Wierzycę. Między Kwidzynem a Białą Górą, równolegle do Wisły, u podnóża prawego zbocza płynie rzeka Liwa, zasilająca swymi wodami Nogat, odcięty jazem od koryta Wisły.
Dno doliny jest dosyć gęsto zasiedlone ze względu na żyzność mad rzecznych, ale około 20% powierzchni zajmują zmeliorowane użytki zielone o dużej wartości produkcyjnej. Lasy zachowały się tylko na zboczach. Po regulacji Wisły (II połowa XIX wieku) i zmeliorowaniu dna doliny, znikły pierwotne lasy łęgowe.