Dolina otrzymuje mniej opadów niż sąsiednie wysoczyzny pojezierne i jest od nich cieplejsza, toteż na nasłonecznionych zboczach występują miejscami zbiorowiska roślinności łąkowo-stepowej, chronione w rezerwatach: Biała Góra i Kwidzyńskie Ostnice na prawym brzegu doliny oraz Opalenie Górne i Wiosło Małe na lewym brzegu, gdzie ochroną objęto również fragment boru mieszanego. Rezerwat Opalenie Dolne obejmuje fragment lasu mieszanego z udziałem buka.
Granica między Doliną Kwidzyńską a Żuławami Wiślanymi przypada pod wsią Piekło, w miejscu dawnego rozgałęzienia Wisły na Nogat i Leniwkę.
Miasta Związane z regionem miasta Kwidzyn i Gniew są zlokalizowane na otaczających dolinę wysoczyznach: Gniew na zachodzie, Kwidzyn na wschodzie. Nazwa regionu pochodzi od Kwidzyna. Głównym zabytkiem miasta jest średniowieczny zespół zamkowo-katedralny, składający się z zamku kapituły pomezańskiej i katedry św. Jana Ewangelisty.