Na początku marca flota turecka dokonała próby desantu, który uniemożliwiła flota wenecka. Gdy Turkom udało się dokonać wyłomu w bastionie świętego Andrzeja, ruszyli 26 sierpnia/5 września do szturmu, który został jednak odparty. Jesienią i zimą obrońcy wznieśli w obu zagrożonych bastionach wały wewnętrzne.
Wiosną 1669 roku na skutek ciągłego ostrzału artyleryjskiego powstały w obleganej twierdzy potężne wyłomy. By nie dopuścić do szturmu, obrońcy przeprowadzili 15 czerwca/25 czerwca dwie wycieczki. Wielka wycieczka w sile 5 500 żołnierzy wyprowadzona została od bastionu Sabionera, a mniejsza, w sile 300 żołnierzy, od bastionu świętego Andrzeja. Obrońcy zniszczyli kilka tureckich baterii i zasypali znaczną liczbę rowów.
Punktem zwrotnym oblężenia było wycofanie się 8 sierpnia/18 sierpnia 1669 roku posiłkowych wojsk francuskich z Kandii, czego przyczyną były spory Francuzów z weneckim dowódcą garnizonu. W twierdzy został dowódca sił weneckich Francesco Morosini, który miał do dyspozycji tylko 3 600 żołnierzy weneckich. Nie widząc szans na dalszą obronę Wenecjanie skapitulowali 25 sierpnia/4 września 1669 roku przed armią wielkiego wezyra Ahmeda Köprülü.