W 1839 cerkiew w Rogaczach, na mocy postanowień synodu połockiego, została administracyjnie włączona do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Świątynia stała się po tej dacie ośrodkiem kultu św. Antoniego Pieczerskiego. W 1872 budynek został całkowicie zniszczony wskutek pożaru. Na miejsce spalonej cerkwi przeniesiona została świątynia odkupiona od parafii w Dubinach. W 1940 w świątyni w Rogaczach urządzony został drugi ołtarz pod wezwaniem św. Antoniego Pieczerskiego. Cztery lata później obiekt poważnie ucierpiał na skutek ostrzału artyleryjskiego. Po wojnie budowla była kilkakrotnie odnawiana. Gruntowny remont przeszła na początku XXI w.
Cerkiew położona jest we wschodniej części wsi, u zbiegu dróg prowadzących do Miedwieżyków i Mikulicz.
Historia XVI–XVIII w. Według Jerzego Hawryluka pierwsza cerkiew w Rogaczach (Rohaczach) powstała w 1525. Maria Kałamajska-Saeed twierdzi natomiast, że jest to jedna z wielu podlaskich świątyń prawosławnych, których początków nie da się dokładnie ustalić, a pierwsza wzmianka o niej pochodzi dopiero z 1610. Podobnie Grzegorz Sosna rozpoczyna opis dziejów świątyni od 1610.