Natomiast w 1624 Wasil Kaleczycki, właściciel wsi, w 1624 w pamiętniku domowym zapisał: „przebudowałem Cerkiew rohacką i wszystko odnowiłem i aparata posprawiałem, która cerkiew kosztuje tak budynek, rzemieślnik i aparata złotych 400”Z. Gloger, Silva rerum Sasinów Kaleczyckich, „Przewodnik Naukowy i Literacki”, Lwów 1876, s. 1147.. Cerkiew podlegała pierwotnie eparchii włodzimiersko-brzeskiej. Następnie miejscowa parafia przyjęła unię (stało się to najpóźniej w połowie XVII w.) i znalazła się w strukturach unickiej diecezji włodzimiersko-brzeskiej.
Pierwszy obszerny opis unickiej cerkwi w Rogaczach pochodzi z 1725 i został sporządzony przy okazji wizytacji kanonicznej miejscowej parafii. Zapisano w nim, że obiekt był bardzo stary, wzniesiony z drewna, podkreślono jego zły stan techniczny (zwłaszcza w przypadku przedsionka i dzwonnicy, które groziły zawaleniem), brak kopuły i krzyża oraz dziurawy dach. Budynek miał dwa okna, nie posiadał posadzki. W obiekcie nadal znajdowały się królewskie wrota, nie wymieniono natomiast ikonostasu. Na wyposażeniu cerkwi był polskojęzyczny Ewangeliarz, cerkiewnosłowiański Irmołogion oraz dwa dzwony, z których tylko jeden nadawał się do użytku, drugi bowiem został rozbity.