Podczas każdego startu nanoszono małe poprawki w stosunku do pierwotnego projektu, czego wynikiem było powstanie finalnej wersji przeznaczonej do produkcji – Ba 349B, której testy rozpoczęto w styczniu 1945 roku.
W lutym tego samego roku finansujące projekt SS uznało, że prace nad nim nie posuwają się wystarczająco szybko naprzód, żądając przeprowadzenia testu załogowego pod koniec miesiąca. Jedyny test tego rodzaju, jaki doszedł do skutku, odbył się 1 marca z użyciem modelu Ba 349A M23, pilotowanego przez Lothara Siebera. Próbę przeprowadzono ponownie na poligonie w Lager Heuberg koło Stetten am Kalten Markt. Lot rozpoczął się bezproblemowo, jednak po starcie jeden z czterech odrzucanych startowych silników rakietowych wspomagających start nie odłączył się od samolotu zgodnie z planem, przez co maszyna wymknęła się spod kontroli. Na wysokości 500 metrów Sieber próbował wyskoczyć i odsunął osłonę kabiny. Drogą radiową otrzymał instrukcje, nakazujące mu dalsze próby zrzucenia zużytego silnika startowego, jednak stracił orientację pośród chmur. Z powodu unieruchomionego silnika nie otworzył się także spadochron, który miał sprowadzić główny silnik bezpiecznie na ziemię. W końcu „Natter” obrócił się i roztrzaskał o ziemię, zabijając pilota.