Gubernator był bezpośrednio podległy cesarzowi i choć formalnie jego kompetencje ograniczały się tylko do spraw wojskowych, w rzeczywistości ingerował w niemal wszystkie sprawy wewnętrzne miasta.
Administracja centralna Najważniejszym organem miasta był Senat, składający się w początkowym okresie z 4 burmistrzów i 8 senatorów – do 1808 liczba senatorów wzrosła do 18. Do kompetencji Senatu należały kontakty z gubernatorem, obsadzanie urzędów miejskich oraz bieżące administrowanie miastem.
12-osobowa Ława (Drugi Ordynek) pełniła funkcje sądownicze.
thumb|left|Grenadierzy WMG
Ostatnim elementem był Trzeci Ordynek, który wraz z pozostałymi dwoma brał udział w prawodawstwie i zarządzaniu miastem. Dla spraw bieżących wybierana była Komisja Szesnastu, w skład której wchodziło po czterech przedstawicieli każdego z kwartałów (w 1809 jej skład został powiększony do 24 osób).
Administracja terytorialna Samo miasto zostało podzielone na 4 kwartały oraz wyodrębnioną dzielnicę Stare Miasto. Pozostały obszar Wolnego Miasta Gdańska został podzielony na cztery okręgi, z których każdy podlegał jednemu z burmistrzów.