Spłata kontrybucji przy niskich dochodach miasta była ponad siły jego budżetu. Francuski rezydent szacował, że niemal całe dochody miasta pochłania utrzymanie administracji i ciągle rozrastającego się garnizonu francuskiego. Ponadto dla towarowej części kontrybucji ceny były ustalane arbitralnie i często wielokrotnie zaniżone z powodu wzorowania ich na cenach sprzed oblężenia miasta.
Miasto zostało również zobowiązane do wykupienia zajętych po kapitulacji nieruchomości, mimo że część z nich spłonęła.
Administracja thumb|upright|Jean Rapp na pomniku w Colmar Na mocy postanowień z Królestwem Pruskim, jako ustrój dla miasta wybrano ten sprzed 1793. W dalszej perspektywie miała zostać uchwalona konstytucja, zmieniająca ten stan.
Gubernator i książę Gdańska Jako nagrodę za zwycięstwo, 1 czerwca 1807 Napoleon przyznał marszałkowi Lefebvre honorowy tytuł księcia Gdańska. Został on zatwierdzony przez Senat miasta 11 czerwca.
Utworzony w 1807 urząd francuskiego gubernatora sprawował, z krótką przerwą podczas inwazji na RosjęPonownie stanowisko objął 16 grudnia 1812., aż do upadku Wolnego Miasta Gdańska generał Jean Rapp.