Kryterium podziału na podgatunki stanowią różnice w upierzeniu, morfologii oraz zachowania migracyjne. Obecnie wyróżnia się cztery lub pięć podgatunków:
Ardea herodias fannini Chapman, 1901 – Wybrzeże Północno-Zachodnie od południowej Alaski do Seattle. Ardea herodias herodias Linnaeus, 1758 (podgatunek nominatywny) – czapla modra – od południowej Kanady po środkową część Stanów Zjednoczonych. Ardea herodias wardi Ridgway, 1882 – stany Kansas i Oklahoma do północnej Florydy oraz zachodni i północno-wschodni Meksyk. Ardea herodias occidentalis Audubon, 1835 – czapla karaibska – południowa Floryda i Karaiby. Ardea herodias cognata – wyspy Galapagos.
Niektórzy systematycy wyróżniają jeszcze kilka podgatunków, lecz ich pozycja taksonomiczna jest sporna i nie są akceptowane przez większość autorów: Ardea herodias adoxa Oberholser, 1912 Ardea herodias hyperonca Oberholser, 1912 – wybrzeża stanów Oregon i Kalifornia. Ardea herodias lessoni Wagler 1831 Ardea herodias olgista Oberholser, 1912 Ardea herodias repens Bangs & Zappey, 1905 Ardea herodias sanctilucae Linnaeus, 1758 – południowa część Półwyspu Kalifornijskiego. Ardea herodias treganzai Court, 1908