200px|left|thumb Podczas rozgrywek w sezonie 2006/2007 słowacki pomocnik był już podstawowym zawodnikiem swojego zespołu. Wystąpił w 40 spotkaniach Serie B (w tym 34 w wyjściowym składzie) i zdobył w nich 10 goli. Więcej trafień mieli tylko dwaj napastnicy Davide Possanzini (13) i Matteo Serafini (11). Hamšík strzelił zwycięskie bramki w ligowych pojedynkach z Treviso (2:1), Modeną (1:0), Arezzo (1:0), Piacenzą (2:1) oraz Lecce (1:0). Z Pucharu Włoch, podobnie jak przed rokiem, Brescia została wyeliminowana w 1/8 finału przez AC Milan, natomiast rozgrywki ligowe zakończyła na szóstej pozycji. W linii pomocy Brescii Hamšík grywał najczęściej razem z Luigi Piangerellim, Daniele Manninim oraz Simone Del Nero.
SSC Napoli 28 czerwca 2007 roku Hamšík podpisał pięcioletni kontrakt z SSC Napoli. Działacze włoskiego klubu zapłacili za niego pięć i pół miliona euro. Razem ze Słowakiem w letnim okienku transferowym do Napoli przybyli również Walter Gargano, Ezequiel Lavezzi, Matteo Contini, Manuele Blasi oraz Marcelo Zalayeta.