W barwach nowego klubu Hamšík zadebiutował w wygranym 4:0 meczu Pucharu Włoch przeciwko Cesenie, w którym zdobył bramkę oraz miał asystę. 16 września 2007 roku Słowak strzelił swojego pierwszego gola w Serie A, a Napoli pokonało Sampdorię 2:0. Od początku sezonu 2007/2008 Hamšík w linii pomocy swojego zespołu grywał najczęściej z Mariano Bogliacino, Manuele Blasim oraz Walterem Gargano. W listopadzie 2007 roku dyrektor sportowy Napoli – Pierpaolo Marino powiedział, że mimo zainteresowania Hamšíkiem ze strony innych klubów nie zamierza sprzedawać swojego piłkarza.
Jedną z drużyn najbardziej zabiegających o Hamšíka był Juventus F.C. Claudio Ranieri w zamian za niego, oprócz gotówki, oferował również Marcelo Zalayetę i Manuele Blasiego, którzy do tej pory grali w Napoli na zasadzie współwłasności. 20 stycznia 2008 roku słowacki zawodnik strzelił oba gole w zremisowanym 2:2 pojedynku ligowym z S.S. Lazio. 31 stycznia kontrakt z Napoli podpisał Daniele Mannini, z którym Hamšík występował w Brescii Calcio. Włoch wywalczył sobie miejsce w podstawowym składzie Napoli kosztem Mariano Bogliacino i na środku pomocy zaczął grywać razem ze Słowakiem. Transfer Hamšíka do Napoli został uznany jednym z najlepszych transferów w lidze włoskiej, a Słowaka ogłoszono jednym z największych odkryć sezonu.