Cynthia Lauper wychowała się w rodzinie rzymskokatolickiej. Miała starszą siostrę Ellen oraz młodszego brata Freda. Jej rodzice rozwiedli się, gdy miała pięć lat. Później jej matka ponownie wyszła za mąż. Po wielu latach w swej autobiografii Cindy Lauper przyznała, że ojczym nie tylko maltretował matkę, ale również groził, że zgwałci jej młodszą córkę.
Jako dziecko Lauper upodobała sobie piosenki z ówczesnych musicali oraz takich artystów jak Barbra Streisand, Luis Armstrong, The Beatles, Ella Fitzgerald, Judy Garland i Billie Holiday. Śpiewała starszym paniom, które siedziały zwykle na ławce przed kamienicą, za co otrzymywała drobną zapłatę. Od swojej starszej siostry otrzymała na urodziny gitarę. Mając dwanaście lat, zaczęła komponować własne piosenki. W tym czasie wraz z rodziną przeprowadziła się do nowojorskiej dzielnicy Queens, gdzie spędziła resztę swojego dzieciństwa. Mieszkała wtedy w sąsiedztwie Ozone Park. Jeszcze w tym okresie zaczęła nosić kolorowe stroje i domagać się, aby nazywano ją Cyndi, co później stało się istotnym elementem jej kariery artystycznej.