Położenie Kapuściska usytuowane są w południowej części miasta i zaliczane do osiedli tzw. Górnego Tarasu Bydgoszczy. Sąsiadują od zachodu z Wyżynami, Babią Wsią i na krótkim odcinku z Glinkami, od wschodu z Zimnymi Wodami i Czerskiem Polskim, od południa z Łęgnowem, zaś od północy z Bartodziejami i Bydgoszcz Wschód.
Pod względem fizyczno-geograficznym osiedle leży w obrębie makroregionu Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka, w mezoregionie Kotlina Toruńska i mikroregionach Miasto Bydgoszcz Południowe (terasy wysokie IX i X ok. 67–68 m n.p.m.) i Miasto Bydgoszcz Północne (tarasy niskie I, II i III przylegające do Brdy ok. 33–42 m n.p.m.)Środowisko przyrodnicze Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Józefa Banaszaka, Wydawnictwo Tanan. Bydgoszcz 1996. Oba poziomy oddziela Zbocze Bydgoskie o wysokości względnej ok. 25 m z systemem dolinek erozyjnych. Wyróżniają się: jar ul. Bełzy, jar al. Prezydenta Lecha Kaczyńskiego oraz zalesiony „wilczy kanion” na wschodnim obrzeżu osiedla, dawnej odwadniany ciekiem wodnym.