Jeszcze w tym samym roku rozpoczął pracę w bawarskim Ministerstwie Rozwoju Krajowego i Środowiska. Od 1972 do 1974 był w nim osobistym referentem ministra, a w końcu również kierownikiem Biura Ministra. Od 1978 został dopuszczony do wykonywania zawodu adwokata. Od 1978 do 1982 był oprócz tego syndykiem Lotto-Toto-Vertriebsgemeinschaft Bayern. W 1979 otrzymał propozycję powołania na katedrę nauk o zarządzaniu w Wyższej Szkole Waldkirch, z którego zrezygnował po dwuletnich negocjacjach.
Od 1978 do 1983 pod przewodnictwem Franza Josefa Straußa był sekretarzem generalnym CSU. Jako sekretarz generalny był oprócz tego odpowiedzialny za kampanię wyborczą do Bundestagu w 1980. W wyborach kandydat CDU i CSU, Franz Josef Strauß, został jednak pokonany przez urzędującego kanclerza Helmuta Schmidta (SPD).
Od 1989 był zastępcą przewodniczącego CSU. Po przegranych przez Unię (CDU/CSU) wyborach w 1998 został wybrany na następcę byłego federalnego ministra finansów Theodora Waigla na stanowisku krajowego przewodniczącego CSU. Wcześniej, od czasu wybrania Stoibera w 1993 na premiera Bawarii, dochodziło często do konfliktów między nim a Waiglem.