Wybory do Bundestagu 2002 W styczniu 2002 udało mu się przeforsować swoją osobę jako wspólnego kandydata CDU i CSU na urząd kanclerza („Śniadanie w Wolfratshausen”) wobec Angeli Merkel. Głównymi punktami jego kampanii była polityka gospodarcza i społeczna, zwłaszcza zwalczanie bezrobocia, bezpieczeństwo wewnętrzne i rozwój gospodarczy słabo rozwiniętych północno-wschodnich Niemiec. Pełnomocnikiem kampanii w równolegle do zespołu CDU/CSU działającego zespołu Stoibera był Michael Spreng, były redaktor naczelny „Bild am Sonntag”. Mimo procentowych wzrostów nie udało się Stoiberowi, koalicji CDU/CSU i FDP, zdobyć bezwzględnej większości. CDU i CSU zdobyły 3,4% więcej i pierwszy raz odwróciły stałą, trwającą 22 lata tendencję spadkową partii związkowych (CDU/CSU) w wyborach do Bundestagu. Uzyskane 38,5 procent było jednak nadal czwartym pod względem wielkości wynikiem partii związkowych od 1949. Wprawdzie SPD po dużych stratach uzyskało również dokładnie 38,5 procent, jednak dzięki łącznie 6027 głosom (= 0,01%) znalazło się przed CDU/CSU. Poprzez mandaty nadwyżkowe SPD mogło stworzyć najsilniejszą frakcję w Bundestagu.