Jan Linschoten urodził się w Haarlemie w rodzinie notariusza. Kiedy Jan był jeszcze dzieckiem, Linschotenowie przeprowadzili się do miejscowości Enkhuizen.

W grudniu 1576 Linschoten wyjechał do swojego brata do Sewilli w Hiszpanii, by zdobyć tam zawód kupca. Sześć lat później znalazł posadę u kupca z Lizbony. Załamanie handlu zmusiło go do poszukiwania innych możliwości zarobku. Z pomocą przyszedł mu brat Willem, który dobrze znał nowo mianowanego arcybiskupa portugalskiej kolonii Goa, dominikanina Vicente de Fonesca. Nowy arcybiskup mianował Linschotena swoim sekretarzem. Linschoten wyruszył do Goa 3 kwietnia 1583. Pięciomiesięczna podróż wiodła przez Maderę, Gwineę, Przylądek Dobrej Nadziei, Madagaskar i Mozambik.

Goa 220px|thumb|right|Wyspa Terceiro (Azory) ilustracja z publikacji Itinerario 220px|thumb|right|Willem Barents

Z racji zajmowanego stanowiska, Linschoten miał dostęp do wielu tajnych informacji, również do pilnie strzeżonych map – portolanów. Nadużywając swojej pozycji, Linschoten skopiował dostępne mu materiały.

W 1587 zmarł jego protektor, arcybiskupa Goa, w drodze do Lizbony. Linschoten zdecydował zakończyć swój pobyt w kolonii. W styczniu 1589 wyruszył do Europy, zatrzymując się w drodze powrotnej w portugalskim porcie na Wyspie Św. Heleny.