Podróż Linschotena została przerwana przez atak angielskich piratów. Jego statek zgubił ładunek w czasie burzy u wybrzeży Azorów. Linschoten spędził dwa lata na wyspie Terceirze. Do Lizbony dotarł w 1592, skąd udał się do rodzinnego domu w Enkhuizen.
Przejście Północno-Wschodnie Linschoten był przekonany o istnieniu krótszej drogi do Indii na północy, tzw. przejścia północno-wschodniego, którego poszukiwał razem z Willemem Barentsem. W 1594 r. wyruszył na wspólną wyprawę do Arktyki. W 1595 r. dotarł wraz z Barentsem do Nowej Ziemi. Obydwie ekspedycje zakończyły się fiaskiem. Relacja z wypraw ukazała się w 1601.
Publikacje Z pomocą amsterdamskiego wydawcy Cornelisa Claesza, specjalizującego się w publikacjach geograficznych, marynistycznych i podróżniczych, Jan Linschoten spisał w 1595 wspomnienia ze swoich podróży do Indii (hol. Reys-gheshift vande navigatien der Portugaloysers in Orienten). Dzieło to zawierało nie tylko wiele wskazówek jak żeglować pomiędzy Portugalią a koloniami w Indiach Wschodnich, ale także jaką trasę obrać pomiędzy Indiami, Chinami i Japonią.