W styczniu 1995 została członkinią Komisji Europejskiej kierowanej przez Jacques’a Santera. Odpowiadała za naukę, badania naukowe, zarządzanie zasobami ludzkimi, edukację i szkolenia zawodowe. W grudniu 1998 urzędnik europejski Paul van Buitenen przekazał informacje dotyczące przypadków korupcji, niegospodarności i nepotyzmu w KE, przy czym główne zarzuty odnosiły się do Édith Cresson. Wewnętrzne postępowanie wykazało w szczególności nieprawidłowości w zarządzaniu podległym jej programem szkoleń zawodowych, co doprowadziło do znacznych strat finansowych. Ujawniono również, że na stanowisku doradcy zatrudniła swojego prywatnego dentystę z naruszeniem obowiązujących procedur. Édith Cresson odmówiła złożenia rezygnacji, co doprowadziło do ustąpienia całej KE. Pozostała w jej składzie, tymczasowo kierowanym przez Manuela Marína, do końca funkcjonowania tego gremium, tj. do września 1999.
W 2004 belgijski sąd umorzył prowadzonego wobec niej postępowanie karne wszczęte w związku z ujawnionymi nieprawidłowościami.