W 2002 po zjednoczeniu się CDU z innymi partiami chadeckimi objął honorową funkcję przewodniczącego Unii Chrześcijańskich Demokratów i Centrum, którą pełnił do 2014.
W latach 1994–2006 sprawował mandat posła do Izby Deputowanych XII, XIII i XIV kadencji. W okresie 1999–2001 zasiadał w Parlamencie Europejskim. W 2002 w Monako prowadzono w jego sprawie śledztwo dotyczące możliwego nielegalnego prania pieniędzy na rzecz jego partii. Nie znaleziono jednak dowodów na popełnienie przestępstwa z punktu widzenia prawa tego kraju. Jednocześnie jego doradca, Giampiero Catone, został oskarżony o defraudację pieniędzy z funduszy włoskich i unijnych oraz oszukańcze bankructwo.
W latach 2001–2005 Rocco Buttiglione sprawował urząd ministra do spraw europejskich w drugim rządzie Silvia Berlusconiego. W 2004 został wystawiony przez rząd włoski jako kandydat na członka Komisji Europejskiej. Nowy przewodniczący KE José Manuel Barroso włączył go na listę nominowanych jako swojego zastępcę i komisarza do spraw sprawiedliwości. Kandydatowi wytknięto wówczas publicznie jego konserwatywne poglądy, m.in. dotyczące homoseksualizmu i roli kobiety w rodzinie. Frakcje socjalistów i zielonych przedstawiły zastrzeżenia co do zdolności Rocca Buttiglione do podjęcia działalności politycznej w sferze praw obywatelskich. 11 października 2004 Komitet ds.