W roku 1739 Scheibe został kapelmistrzem margrabiego Friedricha Ernsta von Brandenburg-Kulmbach w jego posiadłości Friedrichsruhe, (w miejscowości Drage, nieopodal Itzehoe). Margrabia był namiestnikiem króla Danii w księstwach Szlezwiku i Holsztynu.
1740–1776 W 1740 roku, siostra Margrabiego, duńska Królowa Zofia Magdalena uczyniła go szefem duńskiej królewskiej orkiestry. Scheibe szybko został czołową postacią życia muzycznego Kopenhagi. Komponował dzieła wokalne (Passionsoratorium 1742, którego muzyka zaginęła) i instrumentalne. Współtworzył pierwsze duńskie towarzystwo muzyczne Det musikalske Societet, które w latach 1744-1749 organizowało publiczne koncerty.
Gdy zmarł król Chrystian VI Oldenburg w roku 1746, władzę objął Fryderyk V. Wpływy pietyzmu ustąpiły radości. W 1749 otwarto Det Kongelige Teater przy Kongens Nytorv w Kopenhadze, a także operę. Król lubił włoskie opery i francuskie opero-balety. Scheibe mocno krytykował włoską muzykę, więc został w roku 1748 zwolniony, a stanowisko nadwornego dyrygenta objął Paolo Scalabrini.
Scheibe przeniósł się do Sønderborga, gdzie znów został nauczycielem muzyki, a także tłumaczem duńskich dzieł literackich na język niemiecki.