Egzotoksyny Niektóre zatrucia są wywoływane nie tylko bezpośrednio przez zakażenie bakteryjne, ale również egzotoksyny produkowane przez bakterie. Egzotoksyny produkują (przykłady): Clostridium botulinum Clostridium perfringens Staphylococcus aureus Bacillus cereus.
Mykotoksyny i zatrucia grzybami Do mykotoksyn najczęściej wywołujących zatrucia pokarmowe należą:
Aflatoksyny - wytwarzane przez Aspergillus parasiticus i Aspergillus flavus. Często występują w orzechach, orzeszkach ziemnych, kukurydzy, sorgo i innych nasionach oleistych. Do postaci aflatoksyn zalicza się: B1, B2, G1 i G2, wśród których aflatoksyna B1 działa głównie na wątrobę wywołując jej martwicę, marskość oraz raka wątrobowokomórkowego
Alkaloidy sporyszu - alkaloidy ergopeptynowe - ergotamina
Inne
Wirusy Zakażenia wirusowe stanowią prawdopodobnie jedną trzecią przyczyn zatruć pokarmowych w krajach rozwiniętych.