Druga wyprawa do Indonezji (1598–1599) W siedem miesięcy po powrocie do Amsterdamu bracia de Houtman wyruszyli na drugą wyprawę do Indii Wschodnich, zorganizowaną przez kupca De Moucherona. Przez Madagaskar i Indochiny dotarli na Sumatrę, gdzie wkrótce wybuchły walki pomiędzy Holendrami a wojskiem sułtana Acehu. Fryderyk de Houtman dostał się do niewoli, a jego brat Cornelis de Houtman zginął. Negocjacje w sprawie uwolnienia Fryderyka nie powiodły się i flota holenderska zawróciła do Europy.
W ciągu dwóch lat spędzonych w więzieniu Fryderyk de Houtman nauczył się języka malajskiego i poczynił wiele obserwacji astronomicznych, dodając do katalogu Keysersa 197 gwiazd107 gwiazd dodanych przez de Houtmana było już wcześniej wspomnianych przez Ptolemeusza w jego kompendium wiedzy astronomicznej Almagest w 104 r.. Z niewoli został wypuszczony w sierpniu 1601, a do Amsterdamu powrócił w lipcu 1602.
Publikacje astronomiczne W 1603 Fryderyk opublikował wyniki swoich obserwacji astronomicznych w formie katalogu w załączniku do słownika i gramatyki języków malajskiego i malgaskiego (hol. Spraeck ende woordboeck inde Maleysche ende Madagaskarsche talen).